總裁離開舟山以後，先後在馬公島、高雄、大溪住了一個短短的時期，直到六月底到了臺北草山，才算是安定下來了。
        安定以後，便有許多事情要作。總裁在溪口時代，困心衡慮所發現的黨政軍各方面的病源，所理想的今後反共抗俄革命建國的道路，都必須作進一步的研究和探討。比如發現了毛病，應該如何治標，如何治本？反共抗俄是人人都能說的，但何者應急，何者應緩？實行三民主義近年來也成了一句口號，究竟內容如何？第一步應該作什麼？第二步應該作什麼？都必須使之具體化，系統化。定出各種實際的計劃然後才能付之實行。這是一個繁重的工作，決不是過去少數的侍從人員所能勝任。於是總裁便網羅了黨內一般才智之士--------那時都沒有在政府裡面負責的--------組織了設計委員會和總裁辦公室。王世杰、俞大維、張道藩、俞鴻鈞、吳國楨、余井塘、方治、胡健中、雷震、任卓宣、張國燾、端木愷、羅時實各位先生擔任設計委員。辦公室分成九組，第一組組長谷正綱先生，第二組組長吳國楨先生（實未成立），第三組組長王東原先生，第四組組長董顯光先生，第五組組長陶希聖先生，第六組組長張其昀先生，第七組組長唐乃建先生，第八組組長施覺民先生，第九組組長陳舜先生。黃少谷先生為祕書主任，俞濟時先生為總務主任，各負聯絡幾個組的責任。表面上看起來組織似乎很龐大，而實際每組平均不過三、五人。有的組除了組長副組長外，根本無所謂組員。我每次看到谷正綱先生戴著老花眼鏡在公事上「摘由」「擬辦」時，便自動請求替他辦幾件，他總是笑著說「不敢」「不敢」。
        設計委員每週開會一次，討論總裁交議的問題。開會時由總裁主席，辦公室各組正副主管參加。一天討論不完的問題，第二天繼續開會討論，總要在預定的時間，得出結論。會議的精神，坦白而熱烈。俞大維先生那時病很重，但每次都抱病出席。張其昀、谷正綱二先生發言時最為慷慨激昂，端木愷先生辯才無礙，詼諧百出，不愧名律師。陶希聖先生剖析事理，深入淺出，令人忘倦。黃少谷先生頭腦明晰，最善於調和各方面的意見，而不失其本人的主張。這些聰明才智之士，把他們寶貴的頭腦貢獻給總裁，解決了許多理論和實際的問題。
        總裁向來是注重力行的。現在既然摸清了病源，又知道了改革的辦法，剩下的問題便是怎麼去作。於是總裁便和陳辭修將軍商量，創辦革命實踐研究院內部業務由萬耀煌將軍主持，以「恢復革命精神，喚起民族靈魂」為宗旨，以溝通理論與實踐為方法，調訓在各部門服務的黨員。在開幕的那一天，總裁沉痛的對大家說：「中國革命五十餘年，犧牲了如許軍民同胞，到現在竟致國家危亡若此，人民痛苦日深，我個人當然要對國家負其重大的責任。但今天在座的各位教職員學員，你們過去在黨政軍各部門亦主持過一部分重要工作，你們對於整個革命事業墜入今天這樣悲慘的境地，難道可以不負任何責任？大家今天在總理遺像之前，面對著慘痛的失敗的事實，要正心誠意，反省我們過去對黨國對革命究竟有沒有貢獻？我們平時主持了一部分業務，領導了一部分工作，是不是曾經發生了什麼效果？我們個人平時的思想、言論、生活行動，究竟是有益於革命，抑或有負於革命？對於這些問題，你們在這一次受訓期間，必須一一求得具體的結論。」
        草山的訓練當然還待改進，但和過去比較已有顯著的不同。第一，這一次訓練，廢棄了形式主義。一切課程都根據現實的需要，課目是有計劃的安排，縱不能說內容已成為整個的一套，但至少避免了過去重複矛盾之弊。在訓練期間，注重人格感化，自我反省。從院長到學員，大家披肝瀝膽，各人承認各人自己的過失，研討共同的出路。第二，確能使理論與實踐溝通，言論與行動一致。即知即行，而且行之能持久貫徹，一洗過去空談誤國的積弊。從第一期到現在，草山受訓的學員以軍官為多。而一年來，臺灣各方面都有進步，但以軍隊的進步最為顯著。牢不可破的部隊長吃空的惡習，現在已完全革除了，官長和士兵同甘苦，共生活，更是習見的事。軍紀和士氣，比之大陸時期，相去天壤。到了今年三月，各部隊宣誓效忠總統，誓死保衛臺灣；最近發起克難運動，來打破精神上和物資上的困難，可以說都是此次訓練效果的具體表現。
        草山是革命的洪爐，所有的礦砂廢鐵，經過了草山的鍛煉，便成了純鋼，成了各種有用的工具，獲得了新的生命，產生了新的力量。「即知即行」是王陽明先生的名言，總裁為紀念這位著名的哲學家，特將草山更名為陽明山。中國的後期革命運動，便從陽明山開始。

        三十八年七月十日總裁應季里諾總統之邀，訪問菲律賓，八月六日訪問南韓，是具有重大的意義的。共產世界的力量，一天比一天膨脹，蔓延的地區，一天比一天遼闊，威脅也一天比一天嚴重。而世界主要民主國家對於共產世界的防範，顯然是重歐輕亞。在歐洲有北大西洋公約的訂立，有馬歇爾計劃的實施。而亞洲方面則一任中共暴力擴張，對於亞洲民族的自由和奴役，漠不關心。總裁先後訪問菲律賓和韓國，就是要在西方民主國家轉變其傳統觀念以前，先團結我們亞洲的獨立國家，用我們自己的力量來抵抗共產世界的侵略。這一主張，當時季里諾和李承晚總統是已經同意的，不幸後來由於國際間種種的阻礙，今年五月菲律賓所召開的碧瑤會議，完全變質，中韓兩國當然沒有參加的必要了。但其後果是嚴重的，假如遠東獨立各國之間，有類似北大西洋公約的存在，那金日成決不敢輕易發動這一次侵略南韓的戰爭（關於總裁訪問菲韓的經過，張其昀先生有「韓菲紀行」，記載翔實，特為介紹）。
        總裁訪問菲韓的使命雖未完成，然由此而得到一種意外的收穫，那便是加強了海外僑胞對於祖國的向心力。今天海外僑胞對祖國反共抗俄的事業，莫不爭先恐後，出錢出力。而菲律賓十餘萬僑胞的表現，最為熱烈。上次菲律賓華僑考察團回國時，有一位青年代表對我說：「我們這次回國以前，共產黨強迫我們故鄉的親戚朋友寫信來，叫我們不要到臺灣去，去了必無好處。我們老實告訴他：『我們為打共產黨，死都不怕，還怕他的威脅？』」不是對於政府和領袖有充分的信心，能夠有這樣明確而堅決的表示嗎？

        廣州失陷之後，政府遷都重慶。雖然還保有川康黔滇四省，但基礎是十分脆弱的。四川內部的情形，非常複雜。一部分失意的政客和軍閥，挑撥離間，惟恐天下不亂；西康方面劉文輝態度曖昧，緩急決不可恃；貴州內部空虛，一旦共軍進攻，並不能形成堅強的抵抗。雲南是西南的最後基地，但由於盧漢過去的放縱，股匪蔓延各地，而且昆明的許多機關報館和學校，都被共產黨操縱。雖然八月間盧漢受總裁的感召而改變態度，逮捕了許多匪諜，但並未處理。並且無意之間流露他仍舊可以一百八十度的轉彎。所以這時中央政府的基礎，有如建築在沙上。同時共產黨劉伯承、陳賡兩股，乘政府立足未穩，便大舉向四川進攻。政府倚為川東重鎮的宋希濂將軍，這時已由恩施轉進到酉秀地區了。
        李代總統到了重慶之後，不久就出巡昆明去了。他有電報給總裁，希望總裁到重慶和他共商大局，閻錫山院長不斷的來電促駕。總裁究竟去不去呢？許多人都主張不必去。因為大陸的崩潰是無可挽救的趨勢，總裁去了也無補於事。而且照過去的情形，簡直有力無使處。但總裁不同意這種主張，他說：「這是一個革命責任問題，為了西南幾十萬同胞和幾十萬軍公人員，我不能不去。至於大局的挽回，那只有作到那一步，就算那一步了。」到了十一月十三日，東面的共軍已經佔了四川的彭水舊城，南路共軍已經佔領貴陽市郊的圖雲關，第二天總裁飛往重慶。就在這一天，李代總統則由桂林飛往南寧，一時並無返渝的確期。
        總裁到了重慶，一切的事情都落在總裁的肩上，最迫切的便是要明瞭宋希濂總部還有多少實力？當面的敵情如何？戰局還可以支持多久？所以第三天一早，總裁便派經國先生去看宋希濂。經國先生坐了一部沒有蓬的吉普車，在擠滿了車輛馬匹和散兵遊勇的川湘公路上走了二百多公里，見了宋希濂，並由宋陪著看了幾個重要的司令部，在二十號晚趕回重慶，帶來的消息並不樂觀。宋希濂將軍雖然有抵抗到底的意志，但是他手裡可用的兵力已經只有九個半團了，怎麼辦？幾百里的戰線，九個半團的兵力，怎麼夠用？於是總裁一面督促國防部，調羅廣文的四個師趕快開往南川，布置第二線，同時督促陳良將軍集中所有的車輛，開往廣元，轉運胡宗南將軍的部隊到重慶增防。因為必須爭取十天的時間，才來得及撤退政府人員和必要的物資。
        其次便是動員的問題。這時整個重慶市已經籠罩在戰爭威脅下。那些向來慷慨激昂的人士，現在都埋頭不出，有錢的只打聽如何包專機去香港，沒有錢的索性關門應變。這種情形使遠道來援的軍隊為之寒心。因此總裁便派谷正綱先生協助市政府和市黨部，積極辦理動員的事情。谷正綱先生是一團火，他在重慶擔任空襲救護團團長時，有幾千幹部，現在多半擔任鄉保長等職務，經他一號召，便分頭動起來了。幾天之間，募集了許多軍鞋，並且組織了好幾處軍民合作站，招待過境的部隊。
        第三是政府撤退問題。李代總統二十號出南寧飛香港，去割治他的胃病去了。閻內閣十一個部會的首長留在重慶的只有財政部長關吉玉先生，教育部長杭立武先生。其他大多留滯香港。軍事如此緊張，政府應該立刻遷移，但遷往什麼地方去？兩航公司叛變以後，剩下的只有空軍運輸機，都有軍事任務，這許多的公務員、眷屬、公文檔案，用什麼交通工具來疏散呢？這些複雜而困難的問題，便由黃少谷先生和閻內閣商討，決定實行。
        戰事離重慶一天比一天近，羅廣文的部隊在南川陷於不利。消息沉悶得令人喘不過氣來的時候，吳國楨先生陪著美國參議員諾蘭夫婦到了重慶。「最難風雨故人來」。總裁在危城能夠見著這位一向同情中國反共的朋友，可以說是那時唯一的安慰。
        二十八號行政院已經撤退到了成都。總裁到重慶的任務已經完成了。陳誠將軍和薛岳將軍都有電報來請他即日離開重慶。但是總裁堅持要等待南岸的部隊轉移到北岸以後離開。南岸的共軍分成兩股，一股進佔南溫泉，一股進攻江津，企圖竄擾白市驛機場。林園外面我們望見蓉渝公路上卡車、轎車、吉普車一輛接著一輛，兩邊簇擁著扶老攜幼的難民和潰散了的軍隊，晝夜不停的向西走；晚上車燈照耀得如同白日，燈光下我們看見那些面孔上的悲憤的表情。是誰逼得他們流亡轉徙，妻離子散呢？
        二十九號晚總裁接到報告，南岸的部隊都已轉到了北岸。俞濟時將軍通知我們隨時準備行動，大家收拾了隨身簡單的行李，相對無言。江北和磁器口的兵工廠已在破壞，爆炸的聲響連續不絕，窗櫺為之震動。
        突然，一陣密集的槍聲，發生在林園的外面。我立刻把手槍揣在懷中，走向陶希聖先生的房間。希聖先生站在火爐的前面，火爐裡燃著沒有燒完的文件，火光照看他的蒼白面容，他的兩手正在使勁拉動手槍的槍膛，想把彈篋按進去。回頭看見我進來，便把槍遞給我，說：「請你替我弄弄。」我把子彈裝好了還他。他說：「我的眼睛不太好，遇見敵人，你先發槍，我便裝子彈，你裝子彈，我便發槍。」
        外面的槍聲停息了，經國先生來說：「大家不必驚慌，剛才是一群散兵劫車，已經給彈壓住了。我們明天一早離開重慶。」我們在午夜向白市驛機場出發，車輛逆著人潮，寸步難行。經過三個多鐘頭才到達機場。寒風夾著微雨，覺得特別的冷。機場上顯得忙亂，有許多人員和物資正在漏夜趕運。想到抗戰期間共過八年生死患難的重慶，眼前便要淪陷在共產黨的手裡，心裡說不出的沉痛！但我們有一個堅定的信心，在總裁的領導之下，我們必然可以光復這個歷史上的名城，洗雪今天的恥辱。
        總裁在十二月一日飛抵成都。這時政府以西南為戡亂根據地的計劃，已經打消了，當前的工作，是如何儘速的遷移政府，布置西南游擊根據地，選拔游擊部隊的領袖。新津機場空運機晝夜不停的起落，一批批公教人員帶著悲喜參半的心情，飛往自由中國。軍校官邸川流不息的各階層的人物來見總裁，見了以後，又匆匆地回到西南的各角落裡去。這些工作，在十天之內大體完成。總裁便在十二月十日離開成都，飛往臺北，總統府和行政院已經遷入臺北介壽館，開始辦公了。從那個時候起，西南地區的游擊隊便如雨後春筍，此仆彼起，使共產黨疲於奔命。